1988
Andrea De Lione e la natura morta , in Scritti di storia dell'arte in onore di Raffaello Causa , a cura di P. Leone de Castris, Napoli, Electa, 1988, pp. 203-208 (ried. in Giorno per giorno nella pittura , 1998, pp. 77-80)

La Collezione Federico Mason Perkins , Torino, Allemandi, 1988

Conversazioni con Federico Zeri , a cura di M. Bona Castellotti, Parma, Guanda, 1988

Dino Boschi. Opere 1985-1987 , cat. della mostra (Milano, Galleria Trentadue), Milano, Edizioni Trentadue, 1988

Disegno e follia. 65 disegni di Fortunato Duranti presentati da Federico Zeri , a cura di R. Eusebi, cat. della mostra, Fano, Studio Soncino, 1988 (ried. in Diario marchigiano 1948-1988 , 2000, pp. 277-280)

Franco Fontana, Mario Giacomelli. Landscape , Roma, Grafis, 1988

Giorno per giorno nella pittura , 1988-1998, Scritti sull'arte dell'Italia settentrionale dal Trecento al primo Cinquecento , Torino, Allemandi, 1988

Prefazione a Paride Berardi, Giovanni Antonio Bellinzoni da Pesaro , Pesaro, Banca Popolare Pesarese, 1988, pp. 9-10

Il Maestro del trittico di Imola e la sua presenza a Ferrara , in Il tempo di Nicolò III. Gli affreschi del Castello di Vignola e la pittura tardogotica nei domini estensi , cat. della mostra (Rocca di Vignola), Modena, Panini, 1988, pp. 88-91 (ried. in Giorno per giorno nella pittura , 1988, pp. 31-32)

Presentazione a Il "Maestro di San Miniato". Lo stato degli studi, i problemi, le risposte della filologia , a cura di G. Dalli Regoli, Pisa, Giardini, 1988, pp. 13-14

Il patrimonio storico-artistico italiano. Grandezza e nobiltà , in Le isole del tesoro. Proposte per la riscoperta e la gestione delle risorse culturali , Milano, Electa, 1988, pp. 45-103

Roberto Stelluti , Roma, Pananti, 1988

1989
Saggio introduttivo a Arte emiliana dalle raccolte storiche al nuovo collezionismo , a cura di G. Manni, E. Negro, M. Pirondini, Modena, Artioli, 1989, pp. 7-12.

Presentazione a Correggio. I disegni , a cura di M. Di Giampaolo e A. Muzzi, Torino, Allemandi, 1989, s.n.p.

Le incisioni di Roberto Stelluti , in Roberto Stelluti , cat. della mostra, Roma, Galleria Don Chisciotte, 1989, s.n.p.

Natura morta europea dalle collezioni slovene/ Evropska tihožitja iz slovenskih zbirk , in collaborazione con K. Rozman, cat. della mostra, Ljubljana, Narodna galerija, 1989

Una mostra a sorpresa. IRIARTE. Antico e moderno nelle collezioni del Gruppo IRI , cat. della mostra, Milano, Electa, 1989, pp. 15-16

Prefazione a Leonardo Cemak, Un peccato originale , Milano, Rizzoli, 1989, s.n.p.

La storia dell'arte e la scuola dell'obbligo: storia dell'arte a pezzi , «Paragone», n.s., XL, 13(467), gennaio 1989, pp. 3-6

1990
Presentazione a G. Pontiroli, I "Della Corna" artisti. Documenti biografici inediti , Soncino, Comune di Soncino editore, 1990, pp. 9-10

Introduzione a Dipinti ferraresi dalla collezione Vittorio Cini , a cura di A. Bacchi, Vicenza, Neri Pozza, 1990, pp. XI-XIII

Un'errata attribuzione al Semitecolo (e una rara iconografia di Sant'Antonio da Padova) , in Scritti in onore di Giuliano Briganti , Milano, Longanesi, 1990, pp. 37-42 (ried. in Giorno per giorno nella pittura , 1998, pp. 259-261)

Un "genere" da indagare: il Paesaggio , in Paesaggi e marine dal Cinquecento all'Ottocento , a cura di P. e I. Consigli, Parma, Banca Emiliana, 1990, pp. VII-XI

Orto aperto , Milano, Longanesi, 1990 (ed. francese Dans le jardin de l'art: Essai sur l'art, de l'antiquité à nos jours , Paris-Marseille, Rivages, 1991)

Pier Matteo d'Amelia e gli Umbri a Roma , in Dall'Albornoz all'età dei Borgia. Questioni di cultura figurativa nell'Umbria meridionale , Atti del convegno di studi (Amelia, 1-3 ottobre 1987), Todi, Ediart, 1990, pp. 17-40 (ried. in Giorno per giorno nella pittura , 1992, pp. 145-153)

1991
Introduzione ad A. Mazza, La Collezione dei dipinti antichi della Cassa di Risparmio di Cesena , Cesena, Cassa di Risparmio di Cesena, 1991, p. XV

Giorno per giorno nella pittura , 1988-1998, Scritti sull'arte dell'Italia centrale e meridionale dal Trecento al primo Cinquecento , Torino, Allemandi, 1991

Luisa Bertani. Ricordo di millenni. Acqueforti e disegni , cat. della mostra, Modena, Assessorato alla Cultura, 1991

Il museo nascosto. Capolavori della Galleria Corsi nel Museo Bardini , a cura di F. Zeri e A. Bacchi, cat. della mostra (Firenze, Fortezza da Basso - Museo Bardini), Firenze, ACTA, 1991

Sbucciando piselli , in collaborazione con R. D'Agostino, Milano, Arnoldo Mondadori editore, 1991

Prefazione a La vendetta di Disegni & Caviglia. Quando la satira colpisce davvero , Milano, Feltrinelli, 1991

1992
Giorno per giorno nella pittura , 1988-1998, Scritti sull'arte dell'Italia centrale e meridionale dal Trecento al primo Cinquecento , Torino, Allemandi, 1992

Messina. Museo Regionale , in collaborazione con F. Campagna Cicala, Palermo, Novecento, 1992

Prefazione a S. Price, I primitivi traditi. L'arte dei "selvaggi" e la presunzione occidentale , Torino, Einaudi, 1992

1993
Il cannocchiale del critico , Milano, Tea, 1993 (altra ed. Vicenza, Neri Pozza, 1999)

Evropski slikarji iz slovenskih zbirk/ Maestri europei dalle collezioni slovene , in collaborazione con K. Rozman, cat. della mostra, Ljubljana, Narodna galerija, 1993

Una falsa attribuzione ad Annibale Carracci , in Sembrare e non essere. I falsi nell'arte e nella civiltà , a cura di M. Jones e M. Spagnol, Milano, Longanesi, 1993, pp. 129-131

Presentazione a Francesco Messina. Una visione sfolgorante , cat. della mostra (Aosta, 1993-1994), Milano, Fabbri Editori, 1993

1994
Agonia e resurrezione delle opere d'arte , in Arte e sacralità. Salvaguardia e tutela , Roma, Semar, 1994, XII, (Conservazione 29/30), pp. 1-15

L'angelo con la barba, l'Annunciazione del transito della Vergine (e un errore di Giovanni Andrea Gilio) , in Hommage à Michel Laclotte. Etudes sur la peinture du Moyen Age et de la Renaissance , Milano - Paris, Electa - RMN, 1994, pp. 304-310 (ried. in Giorno per giorno nella pittura , 1998, pp. 269-271)

Firenze , in collaborazione con M. Luzi, fotografie di L. Perugi, Firenze, Octavo, 1994

Gaetano Pallozzi , in collaborazione con R. Bossaglia, cat. della mostra (Spoleto, Galleria Comunale d'Arte Moderna), Spoleto, Assessorato alla Cultura, 1994

Giorno per giorno nella pittura , 1988-1998, Scritti sull'arte italiana del Cinquecento , Torino, Allemandi, 1994

Presentazione a R. Zama, Gli Zaganelli (Francesco e Bernardino) pittori. Catalogo generale , Rimini, Luisè, 1994 , s.n.p.

1995
Premessa ad un Antonello , in Antonello da Messina. Un capolavoro per la Pinacoteca del Castello Sforzesco , Milano, Finarte, 1995, pp. 11-13

Confesso che ho sbagliato. Ricordi autobiografici , in collaborazione con P. Mauriès, Milano, Tea, 1995

Un occhio fermo e affettuoso per una visione universale , in Leonardo da Vinci. Della natura, peso e moto delle acque. Il Codice Leicester , cat. della mostra (Venezia, Palazzo Querini-Dubois), Milano, Electa, 1995, pp. 19-22

Introduzione a Le stanze dei piccoli principi , testi di E. Ballaira e A. Griseri, Torino, Allemandi, 1995, pp. 3-8

Prefazione a Verdi . Il monumento ritrovato , Parma, Ivo Zarotti, 1995

1996
Introduzione a Baldassarre Manara faentino. Pittore di maioliche nel Cinquecento , a cura di C. Ravanelli Guidotti, Ferrara, Belriguardo, 1996, pp. I-II

Introduzione a B. Zanardi, Il cantiere di Giotto. Le Storie di san Francesco ad Assisi , in collaborazione con C. Frugoni, Milano, Skira, 1996, pp. 9-11

Luisa Bertani. New York University , cat. della mostra, New York, Casa Italiana Zerilli-Marimò, 1996

1997
La Spezia, Museo Civico Amedeo Lia. Dipinti , in collaborazione con A.G. De Marchi, Milano, Silvana Editoriale, 1997

European painters. Catalogue of a permanent collection , in collaborazione con K. Rozman, Ljubljana, Narodna galerija, 1997

Evropski slikarji. Katalog stalne zbirke , in collaborazione con K. Rozman, Ljubljana, Narodna galerija, 1997

Mai con i quadri , in collaborazione con C. Iarrera, Milano, Longanesi, 1997

1998
Franco Cilia. Viaggio intorno a Turner 1994-1997 , in collaborazione con M. Luzi, Siracusa, Zangara, 1998

Giorno per giorno nella pittura , 1988-1998, Scritti sull'arte italiana del Sei e Settecento. Recensioni e altri saggi. Aggiunte , Torino, Allemandi, 1998

1999
Omaggio a Federico Zeri. Atti dell'incontro del 27 settembre 1998 e suoi saggi sull'Arte fabrianese del '300 e del '400 , Fabriano, Comune di Fabriano editore, 1999

Sassoferrato copista , San Severino Marche, Fondazione Salimbeni, 1999

Uno sguardo indiscreto. Romanzo , in collaborazione con C. Iarrera, Milano, Longanesi, 1999

2000
Diario marchigiano 1948-1988 , Torino, Allemandi, 2000

European paintings. Catalogue of the collection , in collaborazione con K. Rozman, Ljubljana, Narodna galerija, 2000

2001
La memoria e lo sguardo , a cura di M. Bona Castellotti, Milano, Longanesi, 2001

Presentazione a G. Berengo Gardin, Comunque Italia , Roma, Peliti Associati, s.d.

Nell'ambito dell'attività scientifica, Zeri ha partecipato alla redazione di alcune importanti riviste di storia dell'arte («Paragone», «Gazette des Beaux-Arts», «Pantheon», «Antologia di Belle Arti», «Artibus et historiae») e delle seguenti pubblicazioni :

Parte seconda e parte terza della Storia dell'arte italiana , Torino, Einaudi, 1980-1983.

La pittura in Italia. Il Quattrocento , Milano, Banca Nazionale dell'Agricoltura, 1986 (ed. accresciuta e aggiornata Milano, Electa, 1987, 2 voll.)

I volumi della Pinacoteca di Brera , Milano, Electa, 1988-1996

La natura morta in Italia , a cura di F. Porzio, 2 voll., Milano, Electa, 1989

La Pinacoteca Nazionale di Ferrara. Catalogo generale , a cura di J. Bentini, Ferrara, Cassa di Risparmio di Ferrara, 1992

Musei Civici di Pesaro. Dipinti e disegni della pinacoteca civica di Pesaro , a cura di C. Giardini, E. Negro, M. Pirondini, Modena, Artioli, 1993