Dal 2004 al 2010 la Fondazione ha organizzato a Villa Zeri a Mentana corsi di formazione specialistica in Storia dell’arte destinati a giovani laureati, specializzandi, dottori di ricerca. I programmi hanno privilegiato temi legati alle ricerche di Zeri: l'arte a Roma dal Duecento all’Ottocento.
 
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Roma nel Rinascimento. Le arti all'epoca di Paolo II e Sisto IV (1464-1484)

a cura di Mauro Natale
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Roma nel Rinascimento. Pittura, scultura, architettura da Eugenio IV a Pio II (1431-1464)

a cura di Mauro Natale
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L'arte da Füssli a Canova. Roma e la genesi del Moderno

a cura di Anna Ottani Cavina e Antonio Pinelli
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Pittura e Controriforma. Il papato di Paolo III Farnese

a cura di Andrea Bacchi e Simonetta Prosperi Valenti Rodinò
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L'arte a Roma nel Duecento e il cantiere di Assisi

a cura di Stefano Tumidei