Oltre 4.000 fotografie raffiguranti battaglie (868), paesaggi (1.933), dipinti su pietra, su vetro, pale della Crusca (633), icone (730), trompe-l'oeil e anamorfosi (214) erano conservate da Federico Zeri separatamente rispettoalle serie Pittura italiana e Pittura straniera della fototeca.Queste foto sono state raggruppate in un'apposita serie denominata Nuclei tematici.

Il nucleo delle battaglie è costituito per la maggior parte da fotografie recenti, acquisite grazie ai rapporti dello studioso col mercato dell'arte.
Esse si presentano archiviate in ordine alfabetico per autore.  Confluite solo in parte nel libro di Patrizia Consigli Valente, La battaglia nella pittura del XVII e XVIII secolo, Parma 1986, a cui Zeri aveva collaborato con un saggio introduttivo, queste fotografie costituiscono un punto di partenza importante per approfondire gli studi su tale genere pittorico.

Il nucleo dei trompe-l'oeil è stato studiato da Giulia Alberti nel volume Inganni dipinti. Trompe l'oeil nella Fototeca Zeri edito dalla Fondazione Federico Zeri nel 2015.
A partire dalle 216 fotografie raccolte dallo studioso, il libro documenta la fortuna e la diffusione di questo affascinante genere artistico e si propone di mettere ordine all’interno di un materiale che, per l’Italia, non ha ancora avuto un’adeguata trattazione scientifica.
 
 
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