1988
Andrea De Lione e la natura morta, in Scritti di storia dell'arte in onore di Raffaello Causa, a cura di P. Leone de Castris, Napoli, Electa, 1988, pp. 203-208 (ried. in Giorno per giorno nella pittura , 1998, pp. 77-80)

La Collezione Federico Mason Perkins, Torino, Allemandi, 1988

Conversazioni con Federico Zeri, a cura di M. Bona Castellotti, Parma, Guanda, 1988

Dino Boschi. Opere 1985-1987, cat. della mostra (Milano, Galleria Trentadue), Milano, Edizioni Trentadue, 1988

Disegno e follia. 65 disegni di Fortunato Duranti presentati da Federico Zeri, a cura di R. Eusebi, cat. della mostra, Fano, Studio Soncino, 1988 (ried. in Diario marchigiano 1948-1988, 2000, pp. 277-280)

Franco Fontana, Mario Giacomelli. Landscape, Roma, Grafis, 1988

Giorno per giorno nella pittura, 1988-1998, Scritti sull'arte dell'Italia settentrionale dal Trecento al primo Cinquecento, Torino, Allemandi, 1988

Prefazione a Paride Berardi, Giovanni Antonio Bellinzoni da Pesaro, Pesaro, Banca Popolare Pesarese, 1988, pp. 9-10

Il Maestro del trittico di Imola e la sua presenza a Ferrara, in Il tempo di Nicolò III. Gli affreschi del Castello di Vignola e la pittura tardogotica nei domini estensi, cat. della mostra (Rocca di Vignola), Modena, Panini, 1988, pp. 88-91 (ried. in Giorno per giorno nella pittura, 1988, pp. 31-32)

Presentazione a Il "Maestro di San Miniato". Lo stato degli studi, i problemi, le risposte della filologia, a cura di G. Dalli Regoli, Pisa, Giardini, 1988, pp. 13-14

Il patrimonio storico-artistico italiano. Grandezza e nobiltà, in Le isole del tesoro. Proposte per la riscoperta e la gestione delle risorse culturali, Milano, Electa, 1988, pp. 45-103

Roberto Stelluti, Roma, Pananti, 1988

1989
Saggio introduttivo a Arte emiliana dalle raccolte storiche al nuovo collezionismo , a cura di G. Manni, E. Negro, M. Pirondini, Modena, Artioli, 1989, pp. 7-12.

Presentazione a Correggio. I disegni , a cura di M. Di Giampaolo e A. Muzzi, Torino, Allemandi, 1989, s.n.p.

Le incisioni di Roberto Stelluti , in Roberto Stelluti , cat. della mostra, Roma, Galleria Don Chisciotte, 1989, s.n.p.

Natura morta europea dalle collezioni slovene/ Evropska tihožitja iz slovenskih zbirk , in collaborazione con K. Rozman, cat. della mostra, Ljubljana, Narodna galerija, 1989

Una mostra a sorpresa. IRIARTE. Antico e moderno nelle collezioni del Gruppo IRI , cat. della mostra, Milano, Electa, 1989, pp. 15-16

Prefazione a Leonardo Cemak, Un peccato originale , Milano, Rizzoli, 1989, s.n.p.

La storia dell'arte e la scuola dell'obbligo: storia dell'arte a pezzi , «Paragone», n.s., XL, 13(467), gennaio 1989, pp. 3-6

1990
Presentazione a G. Pontiroli, I "Della Corna" artisti. Documenti biografici inediti, Soncino, Comune di Soncino editore, 1990, pp. 9-10

Introduzione a Dipinti ferraresi dalla collezione Vittorio Cini , a cura di A. Bacchi, Vicenza, Neri Pozza, 1990, pp. XI-XIII

Un'errata attribuzione al Semitecolo (e una rara iconografia di Sant'Antonio da Padova) , in Scritti in onore di Giuliano Briganti, Milano, Longanesi, 1990, pp. 37-42 (ried. in Giorno per giorno nella pittura , 1998, pp. 259-261)

Un "genere" da indagare: il Paesaggio , in Paesaggi e marine dal Cinquecento all'Ottocento, a cura di P. e I. Consigli, Parma, Banca Emiliana, 1990, pp. VII-XI

Orto aperto, Milano, Longanesi, 1990 (ed. francese Dans le jardin de l'art: Essai sur l'art, de l'antiquité à nos jours, Paris-Marseille, Rivages, 1991)

Pier Matteo d'Amelia e gli Umbri a Roma, in Dall'Albornoz all'età dei Borgia. Questioni di cultura figurativa nell'Umbria meridionale, Atti del convegno di studi (Amelia, 1-3 ottobre 1987), Todi, Ediart, 1990, pp. 17-40 (ried. in Giorno per giorno nella pittura, 1992, pp. 145-153)

Sbucciando piselli, in collaborazione con R. D'Agostino, Milano, Arnoldo Mondadori editore, 1990

1991
Introduzione ad A. Mazza, La Collezione dei dipinti antichi della Cassa di Risparmio di Cesena, Cesena, Cassa di Risparmio di Cesena, 1991, p. XV

Giorno per giorno nella pittura, 1988-1998, Scritti sull'arte toscana dal Trecento al primo Cinquecento, Torino, Allemandi, 1991

Luisa Bertani. Ricordo di millenni. Acqueforti e disegni, cat. della mostra, Modena, Assessorato alla Cultura, 1991

Il museo nascosto. Capolavori della Galleria Corsi nel Museo Bardini, a cura di F. Zeri e A. Bacchi, cat. della mostra (Firenze, Fortezza da Basso - Museo Bardini), Firenze, ACTA, 1991

Prefazione a La vendetta di Disegni & Caviglia. Quando la satira colpisce davvero, Milano, Feltrinelli, 1991

1992
Giorno per giorno nella pittura, 1988-1998, Scritti sull'arte dell'Italia centrale e meridionale dal Trecento al primo Cinquecento, Torino, Allemandi, 1992

Messina. Museo Regionale, in collaborazione con F. Campagna Cicala, Palermo, Novecento, 1992

Prefazione a S. Price, I primitivi traditi. L'arte dei "selvaggi" e la presunzione occidentale, Torino, Einaudi, 1992

1993
Il cannocchiale del critico, Milano, Tea, 1993 (altra ed. Vicenza, Neri Pozza, 1999)

Evropski slikarji iz slovenskih zbirk/ Maestri europei dalle collezioni slovene, in collaborazione con K. Rozman, cat. della mostra, Ljubljana, Narodna galerija, 1993

Una falsa attribuzione ad Annibale Carracci, in Sembrare e non essere. I falsi nell'arte e nella civiltà, a cura di M. Jones e M. Spagnol, Milano, Longanesi, 1993, pp. 129-131

Presentazione a Francesco Messina. Una visione sfolgorante, cat. della mostra (Aosta, 1993-1994), Milano, Fabbri Editori, 1993

1994
Agonia e resurrezione delle opere d'arte, in Arte e sacralità. Salvaguardia e tutela, Roma, Semar, 1994, XII, (Conservazione 29/30), pp. 1-15

L'angelo con la barba, l'Annunciazione del transito della Vergine (e un errore di Giovanni Andrea Gilio), in Hommage à Michel Laclotte. Etudes sur la peinture du Moyen Age et de la Renaissance, Milano - Paris, Electa - RMN, 1994, pp. 304-310 (ried. in Giorno per giorno nella pittura, 1998, pp. 269-271)

Firenze, in collaborazione con M. Luzi, fotografie di L. Perugi, Firenze, Octavo, 1994

Gaetano Pallozzi, in collaborazione con R. Bossaglia, cat. della mostra (Spoleto, Galleria Comunale d'Arte Moderna), Spoleto, Assessorato alla Cultura, 1994

Giorno per giorno nella pittura , 1988-1998, Scritti sull'arte italiana del Cinquecento, Torino, Allemandi, 1994

Presentazione a R. Zama, Gli Zaganelli (Francesco e Bernardino) pittori. Catalogo generale, Rimini, Luisè, 1994 , s.n.p.

1995
Premessa ad un Antonello , in Antonello da Messina. Un capolavoro per la Pinacoteca del Castello Sforzesco , Milano, Finarte, 1995, pp. 11-13

Confesso che ho sbagliato. Ricordi autobiografici , in collaborazione con P. Mauriès, Milano, Tea, 1995

Un occhio fermo e affettuoso per una visione universale , in Leonardo da Vinci. Della natura, peso e moto delle acque. Il Codice Leicester , cat. della mostra (Venezia, Palazzo Querini-Dubois), Milano, Electa, 1995, pp. 19-22

Introduzione a Le stanze dei piccoli principi , testi di E. Ballaira e A. Griseri, Torino, Allemandi, 1995, pp. 3-8

Prefazione a Verdi . Il monumento ritrovato , Parma, Ivo Zarotti, 1995

1996
Introduzione a Baldassarre Manara faentino. Pittore di maioliche nel Cinquecento , a cura di C. Ravanelli Guidotti, Ferrara, Belriguardo, 1996, pp. I-II

Introduzione a B. Zanardi, Il cantiere di Giotto. Le Storie di san Francesco ad Assisi , in collaborazione con C. Frugoni, Milano, Skira, 1996, pp. 9-11

Luisa Bertani. New York University , cat. della mostra, New York, Casa Italiana Zerilli-Marimò, 1996

1997
La Spezia, Museo Civico Amedeo Lia. Dipinti , in collaborazione con A.G. De Marchi, Milano, Silvana Editoriale, 1997

European painters. Catalogue of a permanent collection , in collaborazione con K. Rozman, Ljubljana, Narodna galerija, 1997

Evropski slikarji. Katalog stalne zbirke , in collaborazione con K. Rozman, Ljubljana, Narodna galerija, 1997

Mai con i quadri , in collaborazione con C. Iarrera, Milano, Longanesi, 1997

1998
Franco Cilia. Viaggio intorno a Turner 1994-1997 , in collaborazione con M. Luzi, Siracusa, Zangara, 1998

Giorno per giorno nella pittura , 1988-1998, Scritti sull'arte italiana del Sei e Settecento. Recensioni e altri saggi. Aggiunte , Torino, Allemandi, 1998

1999
Omaggio a Federico Zeri. Atti dell'incontro del 27 settembre 1998 e suoi saggi sull'Arte fabrianese del '300 e del '400 , Fabriano, Comune di Fabriano editore, 1999

Sassoferrato copista , San Severino Marche, Fondazione Salimbeni, 1999

Uno sguardo indiscreto. Romanzo , in collaborazione con C. Iarrera, Milano, Longanesi, 1999

2000
Diario marchigiano 1948-1988 , Torino, Allemandi, 2000

European paintings. Catalogue of the collection , in collaborazione con K. Rozman, Ljubljana, Narodna galerija, 2000

2001
La memoria e lo sguardo , a cura di M. Bona Castellotti, Milano, Longanesi, 2001

Presentazione a G. Berengo Gardin, Comunque Italia , Roma, Peliti Associati, s.d.

Nell'ambito dell'attività scientifica, Zeri ha partecipato alla redazione di alcune importanti riviste di storia dell'arte («Paragone», «Gazette des Beaux-Arts», «Pantheon», «Antologia di Belle Arti», «Artibus et historiae») e delle seguenti pubblicazioni :

Parte seconda e parte terza della Storia dell'arte italiana , Torino, Einaudi, 1980-1983.

La pittura in Italia. Il Quattrocento , Milano, Banca Nazionale dell'Agricoltura, 1986 (ed. accresciuta e aggiornata Milano, Electa, 1987, 2 voll.)

I volumi della Pinacoteca di Brera , Milano, Electa, 1988-1996

La natura morta in Italia , a cura di F. Porzio, 2 voll., Milano, Electa, 1989

La Pinacoteca Nazionale di Ferrara. Catalogo generale , a cura di J. Bentini, Ferrara, Cassa di Risparmio di Ferrara, 1992

Musei Civici di Pesaro. Dipinti e disegni della pinacoteca civica di Pesaro , a cura di C. Giardini, E. Negro, M. Pirondini, Modena, Artioli, 1993