La sezione Pittura italiana presenta un ordinamento personale che rispecchia il metodo di lavoro di Zeri, riflette i suoi studi e documenta il campo di ricerca da lui privilegiato: la pittura italiana dal XIII al XVIII secolo. Per alcuni settori, come la pittura dal Duecento al Cinquecento, la quantità e la qualità delle immagini costituiscono un unicum che non ha equivalenti, a cui non può non fare riferimento ogni studioso che faccia ricerca in questi ambiti.

Di alcune opere o importanti cicli pittorici, l’archivio conserva intere campagne fotografiche che riproducono integralmente i particolari dei dipinti e, in molti casi, documentano restauri storici. Si ricordano le campagne fotografiche sugli affreschi con Storie dell’Apocalisse nella cripta del Duomo di Anagni, quelle nelle cappelle Bardi e Peruzzi dipinte da Giotto nella basilica di Santa Croce a Firenze e documentate prima dei restauri del 1958-1961.
Una rarità è costituita dall’importante serie di fotografie de Gli affreschi della vita di San Francesco e Gli affreschi del Vecchio e Nuovo Testamento nella Basilica superiore di Assisi fotografati da Giulio Bencini e Mario Sansoni, pubblicate negli anni quaranta del Novecento a cura di Pietro Toesca nella collana Artis Monumenta Photographice Edita.

Opere oggi disperse o irrimediabilmente perdute sono documentate soltanto dall’archivio di Zeri. In molti casi lo studioso raccoglieva più di una riproduzione: ciò conferma ancora una volta l’unicità della sua fototeca costituita da una documentazione preziosa e rara, frutto di una vera e propria “caccia” mirata a illustrare, attraverso le fotografie, la storia e le vicende di ogni singola opera.

Le fotografie provengono dagli archivi delle soprintendenze e della Fototeca Nazionale, da musei italiani e stranieri, da archivi e collezioni private, case d’asta, restauratori, in parte acquistate e in parte donate allo studioso.
Nel corso degli anni, Zeri ha salvato dalla dispersione e dalla distruzione interi archivi fotografici: di particolare rilievo sono i fondi provenienti da studiosi come Evelyn Sandberg Vavalà, Umberto Gnoli, Franco Russoli e, per lo studio dell’architettura, quelli di Antonio Muñoz e Guglielmo Matthiae. Tra gli archivi fotografici di antiquari sono presenti quelli di Fritz Mont di New York, Sestieri di Roma, Longari di Milano, Pospisil e Semenzato di Venezia, Sangiorgi di Roma che offrono uno spaccato della storia del gusto e del collezionismo del XX secolo.
Molte campagne fotografiche sono opera di fotografi, attivi tra la fine dell’Ottocento e la prima metà del Novecento, che hanno fatto la storia della fotografia di documentazione artistica italiana: Alinari, Brogi e Sansoni di Firenze, Anderson, Vasari e Moscioni di Roma, Villani di Bologna, e molti altri.
A rendere più prezioso l’archivio Zeri sono le annotazioni autografe riportate sul verso delle fotografie e i numerosi appunti, lettere, perizie e articoli a esse allegati, frutto del suo instancabile lavoro di ricerca o della memoria storica di collezionisti e antiquari con cui lo studioso era in contatto. Tutto ciò costituisce una fonte preziosa di informazioni, rese disponibili nel database della Fototeca Zeri.