Università degli Studi di Bologna
Dipartimento delle Arti Visive dell'Università di Bologna
Scuola Superiore di Studi Umanistici dell'Università di Bologna
Istituto per i Beni artistici culturali e naturali della regione Emilia-Romagna
Ministero per i Beni e le Attività culturali
Istituto centrale per il Catalogo e la Documentazione
Istituto centrale per il Catalogo unico delle Biblioteche italiane
Firenze, Kunsthistorisches Institut in Florenz, Max-Planck-Institut
Roma, Bibliotheca Hertziana, Max-Planck-Institut für Kunstgeschichte
Venezia, Fondazione Giorgio Cini
Venezia, Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti
Firenze, Fondazione Roberto Longhi
Firenze, Villa I Tatti The Harvard University Center for Italian Renaissance Studies
Musei dei quali Federico Zeri ha curato il catalogo delle collezioni:
Assisi, collezione F.M. Perkins
Bergamo, Accademia Carrara
La Spezia, Museo Civico Amedeo Lia
Roma, Galleria Spada
New York, Metropolitan Museum of Art
Baltimora, The Walters Museum