Università degli Studi di Bologna

Dipartimento delle Arti Visive dell'Università di Bologna

Scuola Superiore di Studi Umanistici dell'Università di Bologna

Istituto per i Beni artistici culturali e naturali della regione Emilia-Romagna

Ministero per i Beni e le Attività culturali

Istituto centrale per il Catalogo e la Documentazione

Istituto centrale per il Catalogo unico delle Biblioteche italiane

Firenze, Kunsthistorisches Institut in Florenz, Max-Planck-Institut

Roma, Bibliotheca Hertziana, Max-Planck-Institut für Kunstgeschichte

Venezia, Fondazione Giorgio Cini

Venezia, Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti

Firenze, Fondazione Roberto Longhi

Firenze, Villa I Tatti The Harvard University Center for Italian Renaissance Studies

Musei dei quali Federico Zeri ha curato il catalogo delle collezioni:

Assisi, collezione F.M. Perkins

Bergamo, Accademia Carrara

La Spezia, Museo Civico Amedeo Lia

Roma, Galleria Spada

New York, Metropolitan Museum of Art

Baltimora, The Walters Museum