La collezione di 37.000 cataloghi d'asta donati da Federico Zeri è la più cospicua esistente in Italia. La raccolta originaria comprende cataloghi italiani e stranieri suddivisi per nazionalità e data di vendita, tra la fine dell'Ottocento e il 1998, oggi incrementata da nuove donazioni che coprono un arco temporale fino ai primi anni 2000.
Tra i nuclei più rilevanti si segnalano: cataloghi inglesi (15.500), francesi (4.000), tedeschi (3.000, con un elevato numero di esemplari ottocenteschi), italiani (2.000).
A questi si aggiungono i cataloghi di numerosi paesi europei e americani, oltre a nuclei organizzati per tipologia: arti decorative (4.000), arte contemporanea (2.500), arte extraeuropea (1.500), pittura inglese (1.000).
 
La raccolta si è costituita grazie alla collaborazione di Zeri con collezionisti, antiquari e case d'asta, in alcuni casi rilevando raccolte private come quelle degli antiquari Eugenio Di Castro e Alfredo Barsanti o, per i cataloghi più antichi, tramite attente selezioni sul mercato librario. 
La collezione è notevole soprattutto per la rarità delle case d'asta e per la completezza della documentazione relativa agli anni di più vivace attività dello studioso in relazione al mercato, tra il 1960 e il 1998. Vi sono rarissimi cataloghi della fine dell'Ottocento e di inizio Novecento che testimoniano delle grandi dispersioni avvenute nei primi decenni del secolo e permettono di approfondire la storia di importanti collezioni oggi smembrate. 
Ai cataloghi si accompagnano listini, calendari, anteprime delle aste e documenti come lettere, appunti, articoli di giornale. I volumi sono spesso postillati da Federico Zeri e da altri storici dell'arte, antiquari e collezionisti con indicazioni sui prezzi, dettagli dell'acquisto e informazioni relative alle opere d'arte vendute.
 
I volumi schedati documentano l'attività di oltre 1.000 case d'asta, gallerie e antiquari, spesso testimoniati solo dal materiale della Fondazione Zeri, come alcuni cataloghi Ciardiello, Battistelli, Scopinich, Warowland. Sono inoltre presenti vendite di collezioni poco o niente affatto note, come la collezione Friedlander (Simonetti, 1934), Guidi (Sangiorgi, 1902; Galardelli e Mazzoni, 1910), Spinelli (Galleria Bellini, 1934), Conte Andrea di Robilant (Galleria Bellini, 1933).

La raccolta, incrementata da nuove collezioni, è oggi di circa 39.000 cataloghi d'asta. Attualmente ne sono disponibili alla consultazione oltre 18.000 (comprese le nuove acquisizioni), mentre altri 21.000 del lascito di Zeri sono tuttora conservati nella Villa di Mentana appartenuta allo studioso. 
Si stanno inoltre ricercando sul mercato antiquario cataloghi d’asta antichi, soprattutto italiani antecedenti al 1930, mancanti nella raccolta di Zeri.

 

Il database 'Cataloghi d'asta'

Tutti i 18.000 volumi presenti a Bologna sono stati catalogati nel Polo unificato bolognese aderente al Servizio bibliotecario nazionale (Opac SBN), e sono disponibili per la consultazione. Il patrimonio librario nazionale è stato arricchito con un fondo unico nel suo genere (il 70% dei volumi non è presente in altre biblioteche italiane).

Oltre alla catalogazione, la Fondazione ha realizzato un database specifico, consultabile online, perfettamente integrato con quello della Fototeca Zeri, in cui sono confluiti i dati degli esemplari schedati.
Obiettivo del progetto è stato quello di mettere in relazione le informazioni ricavate dai cataloghi d'asta con le schede delle opere e con le fotografie presenti nella banca dati della fototeca. La quantità di informazioni disponibili rende il database Cataloghi d'asta uno strumento unico per la documentazione e la conoscenza di dipinti, sculture e oggetti d'arte, indispensabile per la ricostruzione di collezioni disperse e per la storia del collezionismo, soprattutto novecentesco.
Fondamentale soprattutto per i cataloghi privi di apparato iconografico o illustrati solo parzialmente, che vengono così arricchiti dalle immagini delle opere vendute.

Attraverso la condivisione e il collegamento con i dati e i materiali della fototeca, il database permette ricerche immediate e specifiche fino ad oggi impossibili. Oltre alla normale ricerca bibliografica per Titolo, Autore, Anno del catalogo, è possibile quella per Luogo e Data di vendita (GG/MM/AA), Codice d'asta, Collezione, Tipologia e Datazione delle opere vendute. 
Questa banca dati si propone come piattaforma comune per la condivisione, anche tra istituzioni diverse, di informazioni relative ai cataloghi d'asta e alle opere passate sul mercato.
 
Una prima tranche di catalogazione di 14.000 volumi ha ricevuto un contributo dall'Istituto per i Beni Artistici, Culturali e Naturali della Regione Emilia-Romagna. Si è avvalsa della collaborazione della Soprintendenza per i Beni librari e documentari e del Settore gestione e sviluppo del catalogo del Polo Bolognese dell'Università di Bologna.