Villa Zeri e la collezione di epigrafi   

"Poco prima della morte di mia madre, nel 1959, avevo acquistato una decina di ettari a Mentana, nelle vicinanze, allora poco frequentate, di Roma, al fine di costruirvi un giorno la mia casa. Quattro anni più tardi incaricai un architetto di Roma, Andrea Busiri Vici, di disegnarmi un progetto. Busiri Vici inventò un edificio molto semplice che io semplificai ancor più, disposto attorno a un piccolo cortile interno destinato ad accogliere la mia collezione di iscrizioni e di frammenti antichi, che in seguito è diventata una delle più importanti collezioni private nel suo genere, dopo quella formata nel Settecento dal cardinale Alessandro Albani".
 
Così Federico Zeri descrive la sua casa, dove amava farsi ritrarre sullo sfondo di quella collezione di epigrafi di cui andava orgoglioso e che testimonia la sua grande passione per il mondo antico.
All'interno, gli spazi erano arredati con oggetti e dipinti di epoche e culture molto diverse, raccolti seguendo la sua predilezione personale.
La collezione comprendeva dipinti, sculture e opere dell'antichità (mosaici di Antiochia, ritratti del Fayyum, sculture di Palmyra, marmi romani), destinati dallo studioso agli eredi e a importanti istituzioni museali: Musei Vaticani, Accademia di Francia a Roma, Museo Poldi Pezzoli di Milano, Accademia Carrara di Bergamo.
Negli anni i libri, inizialmente destinati agli ambienti della biblioteca, finirono per occupare ogni spazio. Cresceva anche la raccolta di fotografie inserite nei faldoni addossati alle pareti dello studio dove, lavorando al suo tavolo di porfido, Zeri ha condotto attività di ricerca fino ai suoi ultimi giorni.
 
La biblioteca e la fototeca d'arte, donate all'Università di Bologna,  sono conservate alla Fondazione Federico Zeri. Gli arredi della villa e la collezione di opere d'arte dello studioso sono invece stati lasciati agli eredi e a importanti istituzioni museali.

La collezione di epigrafi
Un nucleo consistente della collezione di antichità è rappresentato da quasi 400 epigrafi murate lungo le pareti del giardino di Villa Zeri. Insieme alla villa, alla biblioteca d'arte e alla fototeca costituiscono il lascito all'Università di Bologna.
Sono per la maggior parte epigrafi latine acquistate sul mercato antiquario. La collezione si segnala per la ricchezza e la singolarità, in quanto comprende tipologie tanto diverse da costituire quasi un manuale di epigrafia.
Il lapidario di Zeri è stato pubblicato da Guido Barbieri e Maria Grazia Granino Cecere (Il Lapidario Zeri di Mentana, 1982, 2 voll., e Nuove acquisizioni del Lapidario Zeri di Mentana, 1988 a cura dell'Istituto italiano per la storia antica).